全国初步建立了HIV耐药基因序列库，形成了一套较完整的艾滋病检测质量保证与质量控制体系。到2007年9月底，31个省(区、市)均已开展抗病毒治疗工作，共覆盖1154个县，接受免费治疗的病人共37497人；接受治疗的艾滋病儿童累计共771名。艾滋病自愿咨询检测服务已覆盖全国，共有咨询检测点4293个，比去年增加1256个。安全套推广项目覆盖县从1327个县区增加到1874个。全国批准的美沙酮维持治疗门诊512个，较去年新增了192个。
包括艾滋病在内，我国加强了传染性肺结核、乙肝、流脑、麻疹、霍乱、狂犬病等重点传染病的监测和防治管理，推动以传染源控制为主的血吸虫病综合防治策略的实施，启动了5岁以下腹泻住院儿童病毒性腹泻感染状况调查，积极推进重点人畜共患传染病和自然疫源性疾病防治管理工作。重大疾病预防控制工作取得显著成效。全国5岁以下儿童乙肝表面抗原携带率降至1%以下。按照世界卫生组织分类标准，我国已从乙肝高流行区国家进入中流行区国家行列。截至2007年10月底，全国传染病报告及时率为93.24%，审核及时率为98.65%，较2006年分别提高了9.69%和1.98%。
据介绍，2003—2006年间，中央财政补助地方公共卫生专项资金总计129.5亿元。其中，用于疾病预防控制的项目经费66.3亿元，有力地推动和促进了重大疾病预防控制工作的落实。
