国务院防治艾滋病工作委员会主任由国务院副总理吴仪担任，副主任由卫生部常务副部长高强和国务院副秘书长徐绍史担任，由中宣部、国家发改委、教育部、公安部、民政部、司法部、财政部、劳动保障部、铁道部、交通部、农业部、商务部、科技部（后增）、卫生部、人口计生委、质检总局、民航总局、广电总局、食品药品监管局、全国总工会、共青团中央、全国妇联、中国红十字会总会、河南省政府、湖北省政府、广东省政府、广西壮族自治区政府、四川省政府、云南省政府、新疆维吾尔自治区政府共30个成员单位组成。
工作机构：设立国务院防治艾滋病工作委员会办公室，作为委员会的办事机构。办公室设在卫生部，办公室主任由卫生部副部长王陇德兼任。
办公室的主要职责是：研究提出艾滋病防治规划及有关政策、措施；指导有关部门制定艾滋病防治工作年度计划、工作方案并提供技术支持；组织有关部门开展艾滋病防治工作督导检查；协调有关部门研究解决艾滋病防治工作中的具体问题；承担艾滋病防治工作信息沟通和联络工作；承办委员会召开的会议和重要活动；督查落实委员会会议议定事项；承办委员会交办的其他事项。
