几种与艾滋病病毒有关的感染（包括肺结核、细菌性肺炎、疟疾、白血病和卡式肺囊虫肺炎）可以通过药物预防。这就是众所周知的药物预防。有一种药物叫做复方新诺明（也称为septra, bactrim和TMP-SMX），对于预防多种机会性感染非常有效。这种药物便宜而且易获得。世界卫生组织（WHO）推荐，在资源匮乏地区的下列人群应当开始使用复方新诺明：
-暴露于艾滋病病毒的婴儿和儿童，在出生4-6周之后可以开始使用，或在开始时与卫生保健结合起来，一直到艾滋病感染的可能性排除之后。
-一周岁以下的感染艾滋病病毒的儿童。
-1-4岁感染艾滋病病毒的儿童，有轻微、中度和严重的艾滋病症状，或者CD4计数低于25%。
-感染艾滋病病毒的成人和青少年，有轻微、中度和严重的艾滋病症状，或者CD4细胞计数低于每毫升350个。
-针对卡式肺囊虫肺炎进行过治疗的艾滋病病毒感染者。
-根据世界卫生组织的指导原则，对于艾滋病病毒感染者的治疗应该持续到孩子5岁，而且总体来说应该是一直持续的，不过可能在中间因为成功的抗逆转录病毒治疗而停止。
在一些感染最严重的国家会选择给所有母亲确认或怀疑感染艾滋病病毒的的婴儿和儿童治疗，直到艾滋病病毒感染的可能性被排除。他们也会选择治疗所有确诊艾滋病病毒感染的人，不论是否有症状或者CD4计数情况。
药物预防有时也会在已经开始使用抗逆转录病毒联合治疗的人中被推荐，如果他们的免疫系统很脆弱或者被认定是特别脆弱。建议他们在免疫系统恢复之后停止服用这种药物。
对于已经发生机会性感染或者正在进行有效的治疗的人，建议进行二级预防以防止复发。这适用于结核病、沙门氏菌、巨细胞和卡式肺囊虫肺炎。
